保険料は、標準報酬月額と標準賞与額に保険料率を掛けて決められます。健保組合では、保険料率や負担割合を組合の実情により自主的に決めることができます。

一般保険料は、主に健康保険の給付を行う財源となる保険料ですが、高齢者の医療を支援する費用をまかなうための財源にもなっています。高齢者に対してどの程度支援を行っているかをわかりやすくするために、一般保険料は、基本保険料と特定保険料に区分されています。

一般保険料率は3％〜13％の範囲内で、組合の実情に応じて決めることができます。事業主と被保険者の負担割合も、組合の実情により、自主的に決めることができます。

介護保険料は、介護保険にかかる保険料です。介護保険は全国の市区町村が運営する制度ですが、医療保険に加入する40歳以上65歳未満の介護保険第2号被保険者の介護保険料は、各医療保険者が徴収する義務を負っており、健保組合で徴収します。

子ども・子育て支援金制度は、社会連帯の理念を基盤に、子どもや子育て世帯を全世代・全経済主体が支える新しい分かち合い・連帯の仕組みで、健保組合は、国に代わって子ども・子育て支援金を徴収する代行徴収的な位置づけを担います。

この支援金は、児童手当の拡充など法律で定めた子ども・子育て世帯向けの給付のみに充てられるものであり、医療保険料とは区分された仕組みとなっています。

負担率（支援金率）は、2026年度：0.23％からスタートし、2028年度にかけて0.4％程度まで段階的に上がることが想定されます。ただし、国が2028年度の支援納付金を最大規模と決めているため、以降、増え続けることはありません。

全国の健保組合は、高額医療費の共同負担事業と財政窮迫組合の助成事業（財政調整）を共同して行っており、この財源にあてるために調整保険料を拠出しています。

この保険料率は、基本調整保険料率0.13％に、その組合の財政に応じた若干の増減率（修正率）を乗じて決められます。

産前産後休業・育児休業中（産後パパ育休（出生時育児休業）期間を含む）の負担を軽くするため、保険料負担は本人・事業主とも事業主の申し出により免除されます。